Au coeur de la Mongolie, le jeune Temoudjin fait un voyage avec son père durant lequel il doit choisir sa future femme. Sur la route du retour, son père est assassiné et son clan massacré par les hommes de Targutai, un guerrier jaloux qui a juré de le tuer pour prendre sa place. En fuite, Temoudjin traverse une série d'épreuves avant de devenir "Gengis Khan", littéralement le "Seigneur de l'Univers". Orphelin, esclave puis chef de guerre, il réussit à unir les tribus mongoles en mettant fin à l'hégémonie des Tartares. Pour y parvenir, Temoudjin ne doit faire preuve d'aucune compassion.