L'évasion de la prison de Fox River n'était qu'une simple première étape. Désormais, Michael Scofield doit se battre pour survivre au sein de Sona, une infernale prison panaméenne dans laquelle la seule règle est la violence, et dont la seule échappatoire est la mort. Pourtant, Lincoln Burrows doit trouver un moyen de faire évader son jeune frère afin de secourir son fils LJ et Sarah, qui se retrouvent menacés à leur tour.