1964, une école catholique dans le Bronx. La père Flynn, un prêtre de la paroisse, entraîneur de basketball, est soupçonné d'avoir fait des attouchements sur un garçon noir de douze ans. Sour Aloysius, directrice de l'école, a des doutes sérieux sur la moralité du prêtre mais n'arrive pas à établir les preuves nécessaires à son renvoi. Quand sour James, une sour naïve, vient lui raconter un événement impliquant le père Flynn et un garçon de l'école, sour Aloysius estime que ses soupçons sont confirmés. Elle part donc en guerre contre le prêtre, bien déterminée à le démasquer. L'aumônier accusé va tenter de se disculper mais sour Aoysius n'a pas dit son dernier mot. Le doute s'installe. Quelles en seront les conséquences ? Et si tout cela n'était qu'un malentendu ?