En plein milieu de la nuit, une employée du FBI est enlevée chez elle. Guidés par un ancien prêtre pédophile aux étranges histoires, les agents Whitney et Drummy enquêtent. Très vite, leur investigation s'enlise : les indices sont minces et le temps presse. L'agence gouvernementale décide alors de refaire appel à Mulder et Scully. Leur expérience sur ce genre d'affaires sensibles pourrait s'avérer capitale. Mais des années ont passé depuis la fermeture du service des affaires non-résolues. Scully est redevenue médecin et Mulder, en disgrâce auprès du FBI, est introuvable.